Le fonctionnement de la Fondation est assuré, sous l'autorité du Conseil d'Administration, présidé par Thierry Desmarest (X 64, Président du Conseil d'Administration de TOTAL), par le bureau permanent de la Fondation 

• Jean-Bernard LARTIGUE , Délégué Général (X 65)
• Gérard BONTRON (X 57)
• Jacques BURILLON (X 60)
• Philippe CASTILLON (X 62)
• Paul COMBEAU (X 47)
• Olivier de CONIHOUT (X 76)
• Georges DOUIN (X 64)
• Gérard DREAN (X 54)
• Christian MALDIDIER (X 54)
• Charles-Henri PIN (X 56)
• Philippe RAULIN (X 64)
• François VULLIOD (X 70)

Bénévoles, ils sont appuyés par une structure légère assurant une permanence et les fonctions de secrétariat, coordination et comptabilité. Les comptes sont audités par un commissaire aux comptes avant approbation par le Conseil.

Le lien avec les entreprises adhérentes est assuré à deux niveaux par :

• le Comité de Liaison Entreprises X (CLEX), présidé par Jean-Bernard LARTIGUE (X 65). Ce comité de travail réunit 3 fois par an des représentants qualifiés des entreprises fondatrices et des représentants de l'Ecole, direction et élèves.
• le Collège des Fondateurs qui réunit les dirigeants de ces entreprises, pour une réunion annuelle.